Resposta
A solução da charada está em ler bem o enunciado: " não acertou em nenhuma".
Imaginemos que as caixas estão catalogadas da seguinte forma:
caixa 1 - parafusos
caixa 2 - porcas
caixa 3 - pregos
Ao abrir a primeira, suponhamos que, verificamos que tem pregos (não pode ter parafusos já que é desta forma que está catalogada).
A segunda caixa está catalogada para porcas pelo que não as tem e, como a primeira tem os pregos, então tem os parafusos.
Na terceira caixa estarão as porcas por exclusão das restantes.